A 5mn de la colonne de Pompée, au sommet de la colline, se trouve l'entrée des catacombes de Kom Al Shuqafa, qui datent du Ier et IIe siècles après J.-C. Découvertes au XXème siècle, les catacombes de Kom al-Shuqafa (ou colline des tessons) tiennent leur nom d'une tradition antique : lors d'un enterrement, les proches du défunt faisaient un dernier festin autour du tombeau. A la fin du repas, ils brisaient la vaisselle. A force, ces bris formaient un véritable monticule d'où le nom de la colline. Considérées comme la plus importante nécropole romaine connue en Egypte, ces catacombes comprennent 3 niveaux de tombes et de chambres funéraires creusées dans la roche jusqu'à 35m de profondeur et pouvaient contenir plus de 300 défunts. On descend lentement vers l'obscurité par le puits funéraire en empruntant l'escalier en colimaçon, pour arriver à la rotonde. Les dépouilles étaient descendues par cette cheminée à l'aide de cordes. En descendant les escaliers on se retrouve dans la tombe principale. A gauche, on découvre une salle appelée le triclinium, qui servait de une salle à manger pouvant accueillir les vivants venus célébrer leurs morts pour les dates d'anniversaire ou pour des rituels plus particuliers. Une porte ornée de deux colonnes et sculptée de serpents s'ouvre majestueusement sur les salles funéraires. La chambre de Caracalla est tout à fait différente. Antérieure à la nécropole, c'est l'endroit où se seraient réfugiés les chrétiens persécutés. Et enfin, la fameuse tombe principale composée d'un petit temple funéraire avec l'antichambre et le sanctuaire. On peut y voir des statues d'un homme et d'une femme, des serpents surplombés de têtes de méduse. La légende raconte que ces méduses étaient destinées à éloigner les pilleurs, car la Gorgogne avait le pouvoir de transformer quiconque la regarde en pierre.