Comme les autres églises de Goa, la Basilique est construite en blocs de latérite recouverts de chaux. Elle est de plan cruciforme avec trois portails en façade. À l'entrée, une chaire est supportée par deux colonnes couvertes d'inscriptions en portugais et en latin. Elles indiquent que la basilique a été commencée le 24 novembre 1595 et qu'Alexia de Menezes, archevêque de Goa et primat des Indes, la consacra le 15 mai 1605. À sa gauche, a été placée une statue en bois de Saint François-Xavier. Une galerie court au-dessus de chaque côté accueillant les dignitaires. Au milieu de la nef, sur le mur Nord, repose le cénotaphe du donateur de l'église, Dom Jeronimo Mascarenhas, capitaine de Cochin, mort en 1593. À son opposé, un pupitre en bois très travaillé présente sur ses trois faces, Jésus, les quatre Évangélistes et quatre docteurs de l'Église. À l'arrière, sept figures peintes semblent le supporter. L'autel principal est au fond de la nef, de style baroque et doré comme les autres autels. Il est dédié à l'enfant Jésus et au-dessus, une grande statue de Saint Ignace de Loyola, fondateur de l'ordre des Jésuites, prie avec ferveur un médaillon où sont inscrites les trois premières lettres du nom de Jésus. Une peinture de la Sainte Trinité les surmonte. Dans le transept Nord est érigée la chapelle du Saint Sacrement qui accueille la relique sacrée du corps de Saint François-Xavier. Elle est richement ornée de bois sculpté, de dorures, de colonnes torsadées et décorée de motifs floraux et de peintures racontant la vie du saint. Le marbre blanc de la tombe est incrusté de jaspe rouge (pierre opaque et très dure.) Des plaques de bronze de chaque côté portent aussi des scènes de la vie de Saint François-Xavier et deux chérubins tiennent des parchemins. Une belle statue en argent est debout devant le cercueil. Ce dernier est aussi en argent et contient les restes sacrés du corps. Un duc de Toscane fut le commanditaire de ce chef d'oeuvre réalisé par un sculpteur florentin. Le tombeau fut ensuite acheminé et assemblé à Goa. Les reliques du corps sont contenues depuis 1955 dans une urne de cristal qui est exposée au public tous les dix ans.