L'église fut construite en 1602 par les frères de l'ordre de Saint Augustin. En 1835 elle fut abandonnée suite à la politique du gouvernement portugais qui voulait l'éviction de plusieurs ordres de la ville. Elle s'effondra en 1842. À l'origine il y avait quatre tours, des rénovations sont en cours autour de la dernière encore debout haute de 46 mètres. Saint Augustin fut sans doute la plus grande des églises de
Goa en son temps. En 1871, la cloche de la tour fut apportée dans l'église Notre Dame de l'Immaculée Conception à Panaji, la nouvelle Goa. La façade et une moitié de la tour s'effondrèrent en 1931 et le reste en 1938.
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