Ouvert en 1964 dans le couvent abandonné de Saint François d'Assises, le musée a été complètement rénové et réorganisé en 1982. Son entrée est marquée par six canons de tailles différentes. Une statue de plus de 3 mètres de haut d'Alfonso d'Albuquerque, explorateur portugais et fondateur de Goa, accueille le visiteur. Le musée abrite des collections très variées. Une salle expose une série de cartes détaillant les voies empruntées en mer par les premiers explorateurs ainsi que des cartes de Goa et quelques photographies. Dans une autre salle sont exposées des oeuvres de la période antique de Goa, des sculptures brahmaniques en pierre de la période médiévale représentants Siva et Parvati, Visnu et son véhicule Garuda et d'autres dieux et déesses hindoues. Le musée rassemble également de nombreuses sculptures de saints chrétiens en ivoire ou en bois et une très belle peinture représentant Saint Jean-Baptiste peinte durant la période où Pedro de Castro a gouverné. Mais l'oeuvre la plus intéressante est une haute statue de bronze de Luiz de Camoes, le poète portugais. Le poète borgne tient dans sa main droite le parchemin de son poème qui décrit le voyage de Vasco de Gama allant du Portugal à l'Inde. Cette statue a été importée du Portugal et était, à l'origine du musée, installée au centre du jardin. Dans les galeries sont exposés des linteaux avec des inscriptions de la période moghole et quelques autres vestiges. On trouve aussi une salle réservée aux peintures, essentiellement des portraits des vice-rois portugais de Goa. Enfin, une salle est dédiée aux collections de pièces de monnaies, de poinçons et de billets de banque portugais fabriqués en Inde à partir de 1882.